ปีพุทธศักราช ๒๔๙๐

มหาวิทยาลัยได้ประกาศตั้งกองวิชาการขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๙๐ เดิมชื่อว่า “กองวิชาธิการ” มีวัตถุประสงค์เพื่อทำหน้าที่สำรวจ ตรวจชำระ จัดพิมพ์คัมภีร์สำคัญทางพระพุทธศาสนา และเรียบเรียงหนังสือทางวิชาการ เพื่ออำนวยประโยชน์ต่อการศึกษาของมหาวิทยาลัยและคณะสงฆ์ ในช่วงแรก กองวิชาการยังมิได้แบ่งหน่วยงานย่อยออกไป แต่งานทางคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนาก็ได้มีการดำเนินงานมาตามลำดับ

ในช่วงแรก พระมหาเถรานุเถระได้มีกุศลเจตนาร่วมกันในการสนองงานตามวัตถุประสงค์ดังกล่าวมาโดยลำดับ โดยได้คัดลอกพระสูตรและอรรถกถาพระสูตรออกมาตรวจชำระ แล้วแยกตีพิมพ์เฉพาะพระสูตรบ้าง เฉพาะอรรถกถาพระสูตรบ้าง รวบรวมและเรียบเรียงหนังสือทางวิชาการแล้วตีพิมพ์ออกเป็นรูปเล่มบ้าง เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ได้เริ่มตรวจชำระพระไตรปิฎกภาษาบาลี ฉบับมหาจุฬาเตปิฏกํ ๒๕๐๐ เพื่ออำนวยประโยชน์ต่อการศึกษาของมหาวิทยาลัยและคณะสงฆ์เป็นสำคัญ

ปีพุทธศักราช ๒๕๓๐

มีประกาศมหาวิทยาลัยที่ ๕๐/๒๕๓๐ ลงวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๓๐ ให้แบ่งส่วนงานกองวิชาการเป็น ๔ ฝ่าย คือ
(๑) ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสตร์
(๒) ฝ่ายหลักสูตรและตำรา
(๓) ฝ่ายมาตรฐานการศึกษา และ
(๔) ฝ่ายประสานงานวิชาการ
ในช่วงนี้ ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสตร์ มีภาระและหน้าที่คือปฏิบัติงานตรวจชำระ ปริวรรต แปล สำรวจ ทำบัญชี สงวนรักษาและจัดพิมพ์คัมภีร์ทางพระพุทธศาสนา รวมทั้งหนังสือเพื่อการศึกษาทางพระพุทธศาสนา ทั้งในรูปเอกสารและสื่ออิเล็กทรอนิกส์และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย ทั้งนี้ ได้รับมอบหมายให้จัดทำโครงการแปลและจัดพิมพ์พระไตรปิฎกภาษาไทย ฉบับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

ปีพุทธศักราช ๒๕๔๑

นับตั้งแต่มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๐ มหาวิทยาลัยมีสถานภาพเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการและรัฐวิสาหกิจ และเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ ภายใต้การกำกับดูแลของกระทรวงศึกษาธิการ เน้นการจัดการศึกษาวิชาการด้านพระพุทธศาสนาเป็นหลัก ทั้งนี้ มหาวิทยาลัยได้ออกประกาศ เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ.๒๕๔๑ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๕ ตอนพิเศษ ๑๐๐ง วันที่ ๒๗ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๔๑ ซึ่งกองวิชาการ เป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๑ ลงวันที่ ๓๐ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๔๑ กองวิชาการได้แบ่งส่วนงานออกเป็น ๔ ฝ่าย คือ
(๑) ฝ่ายมาตรฐานการศึกษา
(๒) ฝ่ายหลักสูตรและการสอน
(๓) ฝ่ายตำราและเอกสารทางวิชาการ และ
(๔) ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสตร์

ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสตร์มีภารกิจและหน้าที่ในการสำรวจ ทำบัญชี สงวนรักษา ตรวจชำระ อ่าน ปริวรรต แปล จัดพิมพ์คัมภีร์พระไตรปิฎก อรรถกถา ฎีกา อนุฎีกา ปกรณ์วิเสส สัททาวิเสส และคัมภีร์โบราณอื่นๆ ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย โดยได้ดำเนินงาน เช่น โครงการแปลและจัดพิมพ์อรรถกถาภาษาไทย ฉบับมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

ปีพุทธศักราช ๒๕๕๗

มหาวิทยาลัยออกประกาศ เรื่อง ภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๗ กองวิชาการ สำนักงานอธิการบดี มีอำนาจหน้าที่และรับผิดชอบเกี่ยวกับงานหลักสูตรและส่งเสริมประสิทธิภาพการสอน งานตำรา และเอกสารทางวิชาการ งานคัมภีร์พุทธศาสน์ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย แบ่งงานในกองวิชาการ เป็น ๓ กลุ่มงาน คือ
(๑) กลุ่มงานหลักสูตรและการสอน
(๒) กลุ่มงานตำราและเอกสารทางวิชาการ และ
(๓) กลุ่มงานคัมภีร์พุทธศาสน์ 

กลุ่มงานคัมภีร์พุทธศาสน์ มีภาระหน้าที่ในการตรวจชำระ ปริวรรต แปล สำรวจ ทำบัญชี สงวนรักษาและจัดพิมพ์คัมภีร์ทางพระพุทธศาสนา รวมทั้งหนังสือเพื่อการศึกษาทางพระพุทธศาสนา ทั้งในรูปเอกสารและสื่ออิเล็กทรอนิกส์ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ปีพุทธศักราช ๒๕๖๑

มหาวิทยาลัยจัดตั้งสถาบันพระไตรปิฎกศึกษา และให้กลุ่มงานคัมภีร์พุทธศาสน์ กองวิชาการ เป็นภาระงานในสถาบันพระไตรปิฎกศึกษา ตามมติสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ ๕/๒๕๖๑ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๒๘ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๖๑ และประกาศในราชกิจจานุเบกษา ในเล่ม ๑๓๕ ตอนพิเศษ ๒๒๒ ง เมื่อวันที่ ๑๑ กันยายน พ.ศ.๒๕๖๑

สถาบันพระไตรปิฎกศึกษา มีภารกิจเกี่ยวกับการวางแผน พัฒนา ส่งเสริม อนุรักษ์ วิจัย เผยแพร่ และให้บริการด้านพระไตรปิฎกและคัมภีร์พุทธศาสน์ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย  สถาบันพระไตรปิฎกศึกษา แบ่งส่วนงานออกเป็น ๒ ส่วน

๑. ส่วนงานบริหาร มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานบริหาร งานโยบายและแผนพัฒนา งานบุคลากร งานงบประมาณ งานทะเบียนและสารสนเทศของสถาบัน และปฏิบัติงานอื่นตามที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

๒. ส่วนวิชาการและวิจัย มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษาและวิจัยคัมภีร์พระไตรปิฎก และคัมภีร์ที่เกี่ยวข้อง ปริวรรตคัมภีร์โบราณ ฝึกอบรมด้านคัมภีร์ บริการวิชาการและปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย